平成の大合併により現在の浜松市内には、浜松医師会、浜北医師会（浜松市浜北医師会に改名）、引佐郡医師会、浜名医師会及び磐周医師会の5医師会が存在することとなりましたが、政令指定都市となった浜松市において、大都市の医療の政策に関し、行政との協議などを浜松市の医師全体の意向を反映した中で統一的に行うことが、認識の迅速化、政策決定の迅速化に資すること、さらに5医師会の相互の連携強化が浜松市全域にわたる市民の医療、福祉の向上に大きく寄与することにかんがみ、平成20年5月26日、浜松政令市医師会（特定非営利活動法人）が設立されました。

その後、平成24年3月末に浜松医師会（浜松市医師会に改名）が離脱し4医師会となりましたが、基本方針は変わることなく、おおむね月1～2回のペースで理事協議会及び理事会、年1回のペースで総会を開催し、各種課題の検討、事業計画、事業報告、予算、決算の承認、役員の選任などを行っています。

また日常活動として、会員への各種情報提供のほか、市医療制度研究事業、行政協力事業、地域医師会相互調整事業、医療啓発普及事業、その他の事業を5本の柱とした事業への取り組みを推進しています。